A cidade de Canudos estava tão povoada por seguidores do Conselheiro que se tornou uma das cidades mais povoadas da Bahia. Desenvolvia-se então uma preocupação, dos donos de terras, devido a esse fato. Isso porque temiam que suas terras fossem tomadas pelos seguidores, formando vilas e assim, ameaçando suas propriedades.
Os proprietários, preocupados, pediram auxílio do novo governo republicano para que enfrentassem tal ameaça. Foram então criados motivos para que a região fosse equipada com recursos e soldados. Começou então o conflito.
A primeira reação do governo da Bahia foi em 1896, com o auxilio do governo estadual. O tenente que comandava o ataque contra o arraial era Manuel da Silva Pires Ferreira, que na primeira tentativa, foi surpreendido pelos conselheiristas.
Em 1897 se deu outra tentativa do governo, a qual era comandada por Febrônio de Brito. Foram mais uma vez surpreendidos, pois os jagunços estavam armados (as armas eram as abandonadas ou tomadas das tropas). Estes estavam muito corajosos diante a tais conflitos.
Houve uma grande repercussão dos acontecimentos no Rio de Janeiro, e ante a esse fato o governo federal assumiu a repressão. Fizeram a primeira expedição regular a Canudos. Ao saber disso, milhares de pessoas do Nordeste foram à defesa de Conselheiro. Depois de muitos ataques, Moreira Cesar, que estava comandando a repressão, foi morto. Abalou-se a expedição e a conseqüência disso foi o recuo do mesmo.
Novamente, a repercussão da derrota foi enorme no Rio de Janeiro, até porque se atribuía a restauração da monarquia. E então em 1897 começou a quarta e última expedição comandada dessa vez por Artur Oscar de Andrade Guimarães. A diferença das outras expedições era que esta tinha duas colunas comandadas por generais diferentes.
Desta vez, as tropas vieram com mais força e conseguiram a morte do “Homem Santo”, em combate. Devido a isto, muitos sertanejos desistiram do combate e no dia 5 de 1897, o arraial se rendeu. O cadáver de Antônio Conselheiro foi exumado e sua cabeça decepada, e no dia 6 o arraial foi incendiado, resultando na morte de milhares de pessoas.